CODESYS offre diverse opzioni per testare l'applicazione e rilevare gli errori. È possibile avviare l'applicazione in modalità di simulazione, anche senza collegare alcun hardware. Utilizzando i punti di interruzione e i comandi di stepping, è possibile esaminare parti specifiche di un programma. Scrivendo valori alle variabili, è possibile influenzare il programma in esecuzione.

Sono disponibili comandi che resettano l'applicazione a vari livelli. Si va dalla reimpostazione delle sole variabili non persistenti al ripristino completo delle impostazioni di fabbrica del controllore.