È possibile configurare le impostazioni che influenzano il comportamento di CODESYS e di alcuni editor nell'oggetto «Impostazioni progetto». Le impostazioni sono valide per tutto il progetto e vengono applicate immediatamente agli editor attivi. Si può anche usare il comando «Project  Project Settings» per accedere alle finestre di dialogo dell'oggetto.

CODESYS salva le impostazioni del progetto come oggetto all'interno del progetto. Quando si trasferisce un progetto a un altro sistema, l'oggetto «Project Settings» viene trasferito con esso. Non è necessario un archivio di progetto.